コファクター、インターマウンテン・スピンアウトからのデータを利用して免疫療法予測テストを迅速に市場投入

ニューヨーク – 今週初めに Intermountain Health のスピンアウト企業である Culmination Bio との提携を発表した後、Cofactor Genomics は、さまざまながん患者が免疫療法の恩恵を受ける可能性が高いかどうかを予測するための OncoPrism 検査の進歩に「積極的に取り組んでいる」。

サンフランシスコを拠点とする Cofactor は、匿名化された腫瘍サンプルと一致する臨床データを使用して、PREDAPT 研究の範囲内で、RNA シーケンスに基づく T 細胞サブタイピングおよび免疫細胞定量検査である OncoPrism を検証してきました。 Cofactor CEOのジャレット・グラスコック氏によると、目標は、メルク社のキイトルーダ（ペムブロリズマブ）やブリストル・マイヤーズ スクイブ社のオプジーボ（ニボルマブ）などのPD-1/L1チェックポイント阻害剤に反応する可能性が最も高い患者を特定するツールとしてOncoPrismを販売することだという。

この観察的前向き研究では、11 種類のがんにわたる 1,650 人の患者の登録を目標としています。 しかし、新しいCulminationパートナーシップは、検査を検証するための鍵でもあるとグラスコック氏は述べた。これにより、コファクターは450万件の患者検体のデータベースにアクセスできるようになり、各検体は長期的な臨床結果データと照合され、全ゲノム、トランスクリプトーム、エクソーム配列決定、プロテオミクス、およびその他のオミックス分析。

Culmination が Culmination Intelligence Platform と呼んでいるこのデータの山は、Colmination のようなパートナーへの提供です。 PREDAPTで収集されたサンプルを使用したOncoPrismの前向き検証は、複数のがん種にわたる予測性能を実証するために重要であるが、Glasscock氏は、Culminationのデータは、リポジトリ内の患者サンプルの膨大な数だけでなく、時間の点でもCofactorに大きな利点をもたらすと述べた。

「（OncoPrismを検証するために）これらの免疫療法治療による患者の転帰を知る必要がある。PREDAPTの一環として将来予測データが収集されているため、完全なデータが得られるまでに数か月待たなければならない」とグラスコック氏は述べた。 「前向き臨床試験では、私たちは患者の反応を待っています。Culmination Bio の価値は、これらの患者サンプルと高品質の患者データがすでに収集され保存されていることです。これにより、私たちはより迅速に対応できるようになります。私たちの努力。」

Cofactor の OncoPrism テストは、Glasscock 氏が説明したように、本質的には免疫プロファイリング プラットフォームです。 「私たちは、免疫療法に応答する可能性のある患者と応答しない患者を最も予測する免疫細胞の種類と免疫細胞の状態に対応する、最も有益な遺伝子発現サインを調べています」と同氏は述べ、OncoPrismプラットフォームは本質的に測定値を生成すると説明した。これらの複数の分析物の 「臨床データが役に立つのは、『肺がんの反応者のプロファイルはどのようなものですか? 非反応者のプロファイルはどのようなものですか?』ということをモデルをトレーニングするときです。」

OncoPrism プラットフォームはすでに構築されていますが、Culmination Intelligence Platform にあるリンクされた何百万もの臨床データは、Cofactor がさまざまな種類のがんに対する免疫療法反応を予測するためのテストをトレーニングし、それをより迅速に行うのに役立ちます。

これまでのところ、コファクターは、グラスコック氏が同社の「橋頭堡適応」と呼んだ免疫療法の恩恵を受ける頭頸部がん患者を予測するためのオンコプリズムの検証で最も進歩を遂げている。 2022年9月、同社は、オンコプリズムが免疫組織化学に基づくPD-L1発現よりも正確に頭頸部がん患者における抗PD-1効果を予測したことを実証するデータを発表した。PD-L1発現は、多くの腫瘍学者が免疫療法に最もよく反応する患者を特定するための「ひどいバイオマーカー」であると考えている。 その研究では、OncoPrism は免疫チェックポイント阻害剤反応者の予測において 75% の精度を示しましたが、PD-L1 免疫組織化学検査の精度は 42% でした。

グラスコック氏によると、このデータの読み出しにより、コファクターは「頭頸部がんの治療に順調に進んでおり」、「非常に近い将来」に研究室開発の検査としてその環境でオンコプリズムを商品化することを目指しているという。 同氏は、同社はすでに全国の医師らと協力して、今年後半の頭頸部がんへの商業発売に向けて準備を進めており、その直後の肺がん分野にも注目していると付け加えた。

「私たちはゴールラインに近づいていますが、次の9つのがんの適応症と、Culminationのデータがそれらのタイムラインをどのように大幅に加速させるかについても非常に興奮しています」と同氏は述べ、Cofactorがデータの深さと質を特に重視していることを強調したパートナーが関心のある母集団を特定する際に、Culmination Bio のリポジトリ内でクエリできるポイント。

2022 年 6 月に法人化され、2023 年 3 月に株式公開を開始した Intermountain Health のスピンアウトは、精密医療コホートを構築するための検索エンジンとして Culmination Intelligence プラットフォームを紹介しています。 同社のウェブサイトの情報によると、パートナーは年齢、性別、人種、がんの種類、バイオマーカーの状態、ICD コードなどの要素を使用してデータ リポジトリにクエリを実行し、研究対象の患者コホートを特定することができます。

「Culmination Bio は、長期にわたるマルチモーダルなデータセットを作成することで、Intermountain の精密医療の取り組みの成功をさらに拡大するために構築されました」と、Culmination の CEO である Lincoln Nadauld 氏は、同社の立ち上げを発表した 3 月の声明で述べています。 「Intermountain Health とのパートナーシップにより、患者に利益をもたらす新しい臨床洞察を特定し実装する方法に革命をもたらすプラットフォームを構築することができました。」

Culmination BioはCofactorとの提携以外は公表していないが、この記事のインタビューを拒否した。 そのため、そのデータベースの多様性と地理的表現に関する詳細は不明です。 Intermountain Health は、主にユタ州、アイダホ州、ネバダ州で 33 の病院を運営していますが、他の地域にも提携施設があります。

「（インターマウンテンが）このデータベースを何十年にもわたって構築していることは知っていますが、それは彼らが社内で使用してきたサンプルの豊富なコレクションです」とグラスコック氏は語った。 「Culmination Bio のこの商業的立ち上げは、その豊かなリソースを四方の壁の外に持ち出す取り組みです。」